Pada awal pembentukannya, Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta mengacu pada kurikulum Universitas Al Azhar, Kairo. Universitas tertua umat Islam setelah (Universitas) Baitul Hikmah di Baghdad. Namun, dari segi kelengkapan kitab kitab referensi, PTAIN yang kemudian menjadi IAIN dan kini UIN Sunan Kalijaga tersebut sering dijadikan rujukan Universitas Al Azhar.
Semula, PTAIN adalah sebuah Fakultas Agama Islam yang bernaung di Universitas Islam Indonesia (UII). Karena, Pemerintah Hindia Belanda sebelumnya hanya mendirikan perguruan perguruan tinggi yang berbau sekuler. Memisahkan pendidikan agama yang bersifat “fardu ‘ain” dengan ilmu ilmu umum yang bersifat “fardu kifayah”.
Dan, berkat konsolidasi kaum santri, baik dari Muhammadiyah, Nahdlatul Ulama (NU), maupun dari organisasi organisasi lainnya, PTAIN kemudian dipisah menjadi dua: IAIN Sunan Kalijaga yang bertempat di Yogyakarta dan IAIN Syarif Hidayatullah yang bertempat di Jakarta.
Santri Progresif Itu Bernama Soenarjo
Sosok di balik suksesnya Uiniversitas Islam Negeri Sunan Kalijaga, sering disingkat UIN Suka, adalah Mr. Soenarjo. Nama dan gelar lengkapnya adalah Prof Mr RHA Soenarjo. Lahir di Sragen pada tanggal 15 Mei 1908, wafat di Yogyakarta, dan dikebumikan di Sragen pada tanggal 14 Februari 1996.
Dua gagasan besarnya adalah sebagai pencetus Sumpah Pemuda 28 Oktober 1928 dan berdirinya UIN Suka.
Santri yang progresif ini pertama kali mengenyam pendidikan formalnya, ELS, di kampung halamannya, Sragen. Kemudian, melanjutkan pendidikannya di MULO Surakarta. Terakhir, ia sekolah di RHS dengan gelar Mr (Meester in de Rechter) atau lebih dikenal sekarang dengan sebutan Sarjana Hukum. Pengalaman bekerja pertamanya (1937-1941) adalah sebagai pegawai kantor pusat statistik di Jakarta. Kemudian, pada 1941-1946, Mr Soenarjo menjadi panitera di Mahkamah Islam Tinggi juga di Jakarta.
Setelah Proklaim Kemerdekaan Republik Indonesia, 17 Agustus 1945, Mr Soenarjo kemudian menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Kementerian Agama 9Sekjen Kemenag) dari tahun 1946 sampai 1950. Karirnya begitu cepat, tapi berdedikasi tinggi pada agama dan negeri. Pada posisi Sekjen Kemenag ini, ia mengangkat petugas petugas yang mengurusi pernikahan dan perceraian sebagai pegawai negeri. Sebelumnya, petugas petugas tersebut melaksanakan pekerjaan mereka secara swasta di masjid masjid pada masa Pemerintah Hindia Belanda. Usaha Mr Soenarjo tersebut berhasil dengan ditandatanganinya Undang Undang No. 22/1946 tentang Pencatatan Nikah, Talak, Rujuk.
Di kemudian hari, putera Raden Iman Nasiruddin Imamdipuro (seorang penghulu pada masa Pemerintah Hindia Belanda) ini ditunjuk oleh KHA Wahid Hasyim sebagai Sekretaris Perguruan Tinggi Departemen Agama. Pada posisi ini, ia menyusun peraturan tentang PTAIN. Di samping, mengajar matakuliah Hukum Tata Negara dan Asas Asas Hukum Perdata.
Menjadi Menteri Dalam Negeri dan Menteri Agama
Ketika NU menjadi partai pada 1952, Mr Soenarjo ditunjuk sebagai Menteri Dalam Negeri dalam Kabinet Ali Sastroamidjojo pada tanggal 19 November 1954. Pada masa Perdana Menteri Burhanuddin Harahap, ia kembali ditunjuk sebagai Menteri Dalam Negeri, meskipun menteri menteri dari NU mengundurkan diri secara serentak pada tanggal 19 Januari 1956. Sehingga pada masa Kabinet Ali Sastroamidjojo II, Mr Soenarjo kembali ditunjuk sebagai Menteri Dalam Negeri. Dan, pada masa Perdana Menteri Djuanda, ia ditunjuk sebagai Menteri Agama yang keenam.
Seusai Dekrit Presiden 5 Juli 1959, Mr Soenarjo kembali Ke Departemen Agama dan ditunjuk sebagai Ketua PTAIN. Pada posisi ini, Mr Soenarjo kemudian mengusulkan agar PTAIN Yogyakarta digabungkan dengan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) Jakarta untuk menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN). Usulan tersebut diterima Presiden dan resmi pada tanggal 14 Agustus 1960 didirikan Al Jamiah Al Hukumiyah di Yogyakarta. Pada masa kepemimpinan Mr Soenarjo, IAIN hanya terdapat di Yogyakarta dan Jakarta. Setelah terbit Peraturan Presiden No 27 tahun 1963, menyusul berdirinya IAIN di seluruh Indonesia hingga berjumlah 14 buah.














